Πώς μια ζωονόσος οδήγησε στον εντοπισμό της Όμικρον στη Θεσσαλονίκη

Πώς μια ζωονόσος οδήγησε στον εντοπισμό της Όμικρον στη Θεσσαλονίκη

Ο αν. καθηγητής του ΑΠΘ, Χρ. Δόβας, εξηγεί πώς αναπτύχθηκε η καινοτόμος μέθοδος ανίχνευσης και ποσοτικοποίησης της μεταδοτικής μετάλλαξης, με βάση προηγούμενη μελέτη για τον ιό LSDV που προσβάλλει βοοειδή

Με μια καινοτόμο σε διεθνές επίπεδο μοριακή μέθοδο real-time PCR, που ανέπτυξαν σε χρόνο ρεκόρ επιστήμονες της Ομάδας Επιδημιολογίας Λυμάτων του ΑΠΘ, είναι δυνατή η ανίχνευση της παραλλαγής Όμικρον του κορoνοϊού και η ακριβής ποσοτικοποίηση της παρουσίας της στα αστικά λύματα.

Η μέθοδος έδωσε τη δυνατότητα στα μέλη της Ομάδας, μέσα σε λιγότερες από 24 ώρες, να πολλαπλασιάσουν επιλεκτικά το συγκεκριμένο στέλεχος στο δείγμα που ελήφθη την περασμένη Κυριακή και να προσδιορίσουν στο 32% την παρουσία της Όμικρον τη συγκεκριμένη μέρα στα λύματα της Θεσσαλονίκης. Το δείγμα αναλύθηκε τη Δευτέρα και τα αποτελέσματα είχαν εξαχθεί αργά τη νύχτα της ίδιας μέρας για να ανακοινωθούν την Τρίτη.

Με την προηγούμενη μέθοδο, αυτή της πλήρους αλληλούχισης του ιικού γονιδιώματος, που είχε επίσης αναπτύξει η Ομάδα πριν από λίγους μήνες, σε συνεργασία με το ΕΚΕΤΑ, θα απαιτούνταν εργασία τουλάχιστον 4 - 5 ημερών για το ίδιο αποτέλεσμα, σε συμπυκνωμένο δείγμα μιας ολόκληρης εβδομάδας. Λόγω της ιλιγγιώδους ταχύτητας με την οποία εξαπλώνεται η Όμικρον ο χρόνος ανίχνευσης έχει ιδιαίτερη αξία, παρέχοντας σε πραγματικό χρόνο κρίσιμες πληροφορίες, που μπορούν να οδηγήσουν στην έγκαιρη λήψη αποφάσεων.

Η μεθοδολογία της real - time PCR βασίστηκε στην τεχνογνωσία που είχε αποκτηθεί με την ανίχνευση και τυποποίηση του ιού LSDV, ο οποίος προκαλεί την οζώδη δερματίτιδα των βοοειδών. Τα αποτελέσματα της σχετικής μελέτης δημοσιεύτηκαν πρόσφατα σε διεθνές επιστημονικό περιοδικό από επιστήμονες του Διαγνωστικού Εργαστηρίου του Τμήματος Κτηνιατρικής του ΑΠΘ, με επικεφαλής τον αναπληρωτή καθηγητή Μοριακής Μικροβιολογίας, Χρυσόστομο Δόβα.

Ο κ. Δόβας, που είναι μέλος της Ομάδας Επιδημιολογίας Λυμάτων του ΑΠΘ, εξηγεί στο iatronet.gr με ποιον τρόπο η ίδια στρατηγική οδήγησε στην ανάπτυξη της μεθόδου ανίχνευσης και ποσοτικοποίησης του στελέχους Όμικρον στα αστικά λύματα.

Παράλληλα, επισημαίνει την επικινδυνότητα της περιόδου που διανύουμε, λόγω της έκρηξης της διασποράς, και εφιστά ιδιαίτερη προσοχή στο πρωτοχρονιάτικο τραπέζι. Όπως λέει χαρακτηριστικά, μέσω των οικογενειακών συνευρέσεων οι νέοι μπορεί να αποτελέσουν τον Δούρειο Ίππο για τη μετάδοση του ιού στους μεγαλύτερους και πιο ευάλωτους συγγενείς τους.

Από τη ζωονόσο στην COVID

Η οζώδης δερματίτιδα των βοοειδών είναι μια αναδυόμενη νόσος των ζώων που μας ήρθε από την Τουρκία. Προκαλείται από τον ιό LSDV και προκαλεί σοβαρή νόσο στα βοοειδή. Ο εντοπισμός του σε ένα ζώο οδηγεί στη θανάτωση ολόκληρου του κοπαδιού ώστε να αποτραπεί η διασπορά. Η Ελλάδα εφάρμοσε πρόσφατα ένα πρόγραμμα εμβολιασμού, ώστε να καλύψει τον πληθυσμό των βοοειδών έναντι της νόσου.

"Ο εμβολιασμός στις εκτροφές βοοειδών της χώρας διενεργήθηκε με ένα ζωντανό εμβόλιο, το οποίο περιέχει εξασθενημένο ιό. Είχαμε το εξής πρόβλημα: κατά την περίοδο ανάδυσης του νοσήματος, ταυτόχρονα με τον εμβολιασμό υπήρχε η πιθανότητα να κυκλοφορεί στην εκτροφή και άγριο στέλεχος του ιού. Χρειαζόμασταν μια μέθοδο που να μπορεί να εντοπίζει μόνο το άγριο στέλεχος στον οργανισμό του ζώου και όχι το εμβολιακό, το οποίο υπάρχει σε μεγάλη συγκέντρωση αμέσως μετά τον εμβολιασμό", εξηγεί ο καθηγητής, ο οποίος με την ομάδα του ανέπτυξε τη μέθοδο που πολλαπλασιάζει επιλεκτικά το άγριο στέλεχος του ιού.

"Το ίδιο γίνεται και στα λύματα. Έχουμε ένα δείγμα λύματος, το οποίο περιέχει ταυτόχρονα και το στέλεχος Δέλτα. Προσπαθήσαμε να δούμε στην περίπτωση που έχουμε υψηλές συγκεντρώσεις του στελέχους Δέλτα, αν μπορούμε να ξεχωρίσουμε και να εντοπίσουμε ειδικά μόνο την Όμικρον", αναφέρει και διευκρινίζει πως η μέθοδος επανασχεδιάστηκε με βάση τη συγκεκριμένη στρατηγική και φιλοσοφία.

"Η δοκιμή στηρίζεται στην επιλεκτική ενίσχυση μόνο του Όμικρον στο δείγμα του λύματος. Επειδή η δοκιμή δεν ενισχύει το Δέλτα, είναι εφικτό να πολλαπλασιαστεί επιλεκτικά τμήμα του γονιδιώματος του Όμικρον οπότε και να ποσοτικοποιηθεί με ακρίβεια. Είναι έτσι εφικτό να μετράμε την εξέλιξη ανάδυσης και επικράτησης του Όμικρον σε λύματα τα οποία περιέχουν ταυτόχρονα και το Δέλτα", εξηγεί ο κ. Δόβας και προσθέτει: "Η μέθοδος εντοπίζει συνολικά δύο βασικές γενετικές υπογραφές της ακίδας του ιού, (συγκεκριμένα την περιοχή νουκλεοτιδικών απαλείψεων στις θέσεις S69 - 70 και τη μετάλλαξη S:T95I), ικανές να χαρακτηρίσουν την παραλλαγή Όμικρον και να τη διαφοροποιήσουν από τα άλλα στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος που κυκλοφορούν στην κοινότητα αυτό το χρονικό διάστημα. Γίνεται έτσι εφικτή η ειδική, ευαίσθητη ανίχνευση και ακριβής ποσοτικοποίηση του ιικού φορτίου του στελέχους Όμικρον στα λύματα, ανεξαρτήτως της ποσότητας του φορτίου του Δέλτα, το οποίο κυριαρχεί ακόμα στην κοινότητα".

Διεθνής καινοτομία

Σε διεθνές επίπεδο δεν υπάρχει παρόμοια μέθοδος που να ποσοτικοποιεί την Όμικρον, παρουσία της Δέλτα. Οι μέθοδοι που εφαρμόζονται στα λύματα σήμερα ανιχνεύουν όλα τα στελέχη. Τον περασμένο Φεβρουάριο, με αφορμή την παραλλαγή Άλφα, η Ομάδα του ΑΠΘ σε συνεργασία με το ΕΚΕΤΑ ανέπτυξε τη μέθοδο εντοπισμού της με πλήρη αλληλούχιση όλης της γενετικής πληροφορίας που υπήρχε σε συμπυκνωμένο δείγμα μιας εβδομάδας. "Αν για παράδειγμα αλληλουχούσαμε 1.000 ιοσωμάτια που υπήρχαν στο δείγμα μας, μπορούσαμε να ξεχωρίσουμε ότι τα 100 από τα 1000 ήταν από την Άλφα, άρα το 10%. Με την ίδια μέθοδο μπορούμε να βρούμε και την Όμικρον, αλλά η τεχνολογία αυτή θέλει χρόνο. Υπάρχει ένα στάδιο συμπύκνωσης που απαιτεί μια εβδομάδα, στη συνέχεια θα πρέπει να πάει να αναλυθεί με NGS, αυτή η ανάλυση παίρνει 2 - 3 μέρες. Μετά, πρέπει να γίνει βιοπληροφορική ανάλυση και μετά να δώσεις το αποτέλεσμα. Με τη νέα μέθοδο πλέον δίνουμε αποτελέσματα σε μια μέρα. Ο άμεσος σχεδιασμός της δοκιμής στα τέλη Νοεμβρίου, όταν πλέον υπήρχε ικανή πληροφορία από τις γενετικές παραλλαγές του Όμικρον, επέτρεψε την έγκαιρη άφιξη των αντιδραστηρίων με αποτέλεσμα από τις 16 του μηνός και μετά να ελέγχουμε σε πραγματικό χρόνο και χωρίς καθυστερήσεις τα λύματα της Θεσσαλονίκης για την παρουσία του", επισημαίνει.

Μεγάλη προσοχή στο γιορτινό τραπέζι

Λόγω της ραγδαίας εξάπλωσης του νέου στελέχους και της αβεβαιότητας σχετικά με την επίπτωσή της στους ανθρώπους μεγάλης ηλικίας και όσους έχουν υποκείμενα νοσήματα, ο κ. Δόβας εφιστά την ιδιαίτερη προσοχή των πολιτών στο πρωτοχρονιάτικο τραπέζι.

"Πρέπει να επιδείξουμε σοβαρή υπευθυνότητα σε ό,τι αφορά τους ηλικιωμένους συγγενείς μας, τους παππούδες, τις γιαγιάδες και στους συμπολίτες μας με σοβαρά υποκείμενα νοσήματα. Τα δεδομένα που έχουμε από την ανάλυση των λυμάτων της Θεσσαλονίκης δείχνουν ότι συνολικά μέσα σε 8 ημέρες το φορτίο του Όμικρον δεκατετραπλασιάστηκε και αυτήν την περίοδο διπλασιάζεται ανά δύο μέρες, στοιχείο που υποδηλώνει αντίστοιχη εκρηκτική αύξηση των κρουσμάτων στην πόλη.

Τα κρούσματα την περίοδο που διανύουμε αφορούν στην συντριπτική πλειοψηφία νέους, οι οποίοι έχουν μεγάλη κινητικότητα, μπορεί να είναι ακόμη και εμβολιασμένοι και δεν καταγράφονται στις καθημερινές ανακοινώσεις. Αυτοί είναι στην πλειονότητα τους ασυμπτωματικοί και μπορεί να αποτελέσουν τον Δούρειο Ίππο που θα κάνει ζημιά στο τραπέζι της Πρωτοχρονιάς", επισημαίνει για να προσθέσει: Θα πρέπει επίσης να κάνουμε μια εκτίμηση κινδύνου στις οικογενειακές μας συναθροίσεις λαμβάνοντας υπόψη σοβαρά την ανακοίνωση του αμερικανικού ομοσπονδιακού Οργανισμού Φαρμάκων (FDA) που αναφέρει ότι "τα προκαταρκτικά δεδομένα υποδεικνύουν ότι τα τεστ αντιγόνων (shelf και rapid test) πράγματι ανιχνεύουν την παραλλαγή Όμικρον, αλλά έχουν μειωμένη ευαισθησία έναντι στο στέλεχος αυτό εξαιτίας των πολλαπλών μεταλλάξεων που έχει». Με δεδομένο ότι το Όμικρον είναι εξαιρετικά μεταδοτικό, η πιθανότητα διασποράς σε συναθροίσεις σε κλειστούς χώρους χωρίς μάσκες υψηλής προστασίας είναι τεράστια. Παρόλο που η Όμικρον φαίνεται να προκαλεί νόσο του ανώτερου αναπνευστικού συστήματος πια, δηλαδή έχει μια ηπιότητα, και αυτό είναι καλό νέο για ένα πολύ πιθανό τέλος της πανδημίας Covid-19 μέχρι το καλοκαίρι, δεν έχουμε ακόμη ικανά επιδημιολογικά στοιχεία για να ξέρουμε με βεβαιότητα ποια επίπτωση θα έχει σε ανθρώπους άνω των 60 και σε όσους έχουν υποκείμενα νοσήματα. Και μην ξεχνάμε ότι στη Θεσσαλονίκη το επιδημικό αυτό κύμα ξεκινάει με τα νοσοκομεία γεμάτα. Τα δεδομένα που έχουμε μέχρι χθες από το Λονδίνο είναι ότι μέσα σε 24 ημέρες έχουν τριπλασιαστεί οι νοσηλευόμενοι λόγω Covid-19".

Πηγή: iatronet.gr

Αν παρατηρήσετε κάποιο σφάλμα, επισημάνετε το επιθυμητό κείμενο και πιέστε Ctrl + Enter για να ενημερώσετε τον διαχειριστή για αυτό.
Σχόλια